中药是指在中医理论指导下，用于预防、治疗、诊断疾病且具有康复与保健作用的物质。传统的中药研究模式只关注中药的化学成分及体外药理活性。然而在绝大多数情况下，中药中的许多成分只有吸收到血液中，随着体循环系统进入各组织器官与靶细胞结合才能发挥疗效。因此中药药效物质必须在进入到血液的成分中去寻找。
三黍生物作为国内最早进行中药活性成分检测、中药活性机制发掘、中药活性多糖检测的企业，一直致力于为广大中医药研究者提供最便捷、最高效、最专业的技术服务。历时一年，三黍生物研发团队与各大中医院校专家、学者深度沟通，深入挖掘客户需求，在中药入血成分分析1.0版本的基础上，基于代谢组学-网络药理学的技术方法，特推出中药入血成分分析2.0版本。该版本对原有入血成分分析进行了一系列创新探索和优化，新增六大核心亮点，帮助客户更清晰、快捷的定位复方/药材有效成分，更准确、高质量发掘药效机制机理。包括：
研究中药入血成分
1.入血成分BPC标记
三黍生物拥有独立自建“中药-活性成分”数据库中药活性成分质谱数据库，包括常见2,000+中药材，200,000+活性成分；14,000+核心中药有效活性成分二级质谱数据库。2.0 版本对中药入血成分进行溯源分析，同时在BPC图中对入血成分进行标峰注释，展示入血成分出峰位置；在入血成分注释列表中以表格形式展示每个峰对应的入血成分英文名称、中文名称、质荷比等详细信息。标峰后的BPC图可以直接放在文章中使用。
基峰色谱图（实测数据）
2.入血成分中文名称
针对三黍中药材活性成分数据库，公司进行了系统的化合物中英文人工翻译，提供鉴定到的代谢物的中文名称。升级后的结果直接在代谢物英文名称后面注释中文名称，可以更方便地对代谢物进行分类、归属，寻找关注的代谢物，以便于理解数据和分析数据。
升级前：代谢物鉴定列表
升级后：代谢物鉴定列表（实测数据）
3.入血成分中药归属
中药复方通常由多味药材组成，因此对于有效入血成分的反向溯源，分析入血成分是来源于哪味药材，对于理解和解释主要的活性机制至关重要。本次升级增加入血成分注释列表，提供入血成分的中药归属信息，更清晰的展示入血成分的单味药材来源。
升级后：入血成分注释列表（实测数据）
4.PPI网络图分析
蛋白质互作网络（PPI，Protein-Protein Interaction Networks）是展示蛋白质与蛋白质相互作用的网络图。蛋白质是基因表达的产物，通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性，进而挖掘核心的靶点基因，是网络药理学分析的重要内容。STRING数据库是一个搜索已知蛋白质和预测蛋白质之间相互作用的数据库，该数据库可应用于2031个物种，包含960万种蛋白和1380万种蛋白质之间的相互作用。将入血成分对应的靶点基因输入到STRING数据库进行PPI网络图的绘制，可直观发现中药入血成分的关键核心靶点，其中与其他靶点连接度最高，处于互作中心的靶点可作为后续研究的重点。
PPI网络图，绿色圆点代表入血成分对应的靶点基因，灰色圆点代表与靶点基因相互作用的预测靶点
常规分析视角多单以复方入血成分进行分析，三黍生物中药入血分析2.0在关注复方入血分析的同时，将视角同时锚定复方中的药材，利用“中药有效活性成分”和“网络药理学”相结合，以构成复方的药材为切入点，筛选药材的有效活性成分及作用靶点，单独绘制药材的“中药-成分-靶点基因”网络图，可以更加有效的阐明中药药效物质基础。
1. 药材有效活性成分及作用靶点筛选
中药有效活性成分筛选及靶点预测，不仅可以揭示中药的作用机制，也可以为中药的现代化和产业化发展奠定基础。三黍生物从单味药出发，利用“中药-活性成分”数据库（TCMSP数据库）对检测到的中药代谢物进行具有医疗效用或生理活性的活性成分筛选，及其作用靶点预测。
有效活性成分示例表（实测数据）
有效活性对应靶点基因示例表（实测数据）
2. 药材有效活性成分靶点基因功能分析
将中药有效活性成分的靶点基因进行GO注释和富集分析，分别在描述基因的分子功能（Molecular Function，MF）、所处的细胞位置（Cellular Component，CC）、参与的生物过程（Biological Process，BP）层级中分析，并以柱状图和气泡图分别展示注释和富集的结果。
对中药有效活性成分的靶点基因进行KEGG通路注释和富集分析。KEGG数据库是一个常用于通路研究的数据库资源，可以从基因组和分子信息水平上了解细胞、生物体和生态系统等生物系统的高级功能和效用，数据库的信息包括代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、生物系统、人类疾病以及药物开发加工等多个方面。结果以柱状图和气泡图分别展示。
对中药有效活性成分的靶点基因进行GO和KEGG分析，各自从不同的角度对基因的功能和作用进行注释和解析。GO分析侧重于单个基因的功能，而KEGG分析则侧重于生物体系统中基因之间的相互作用，这在机制研究中十分重要。
GO、KEGG注释、富集分析
3. “中药-成分-靶点基因”网络图绘制
别以单味药、有效活性成分和对应靶点基因为目标，研究三者之间的相互作用，并利用网络图对其相互作用关系进行可视化，解析核心有效活性成分及其靶点。在网络图中，可直观发现关键核心中药及其活性成分，其中与靶点基因连接度最高，处于互作中心的中药及其活性成分可作为后续研究的重点。
“中药-成分-靶点基因”网络图，浅紫色圆点代表单味药，深紫色圆点代表有效活性成分，蓝色圆点代表靶点基因。
1. 交集靶点筛选
中医药汤剂多以复方形式发挥作用，复杂的中药材配比、庞杂的代谢物组成，往往使得筛选出的预测靶点数目十分庞大，极不利于后续有效成分筛选和验证。三黍生物中药入血分析2.0分别从复方入血成分与单味中药材两个角度阐明中药发挥药效的机制，利用Venn图筛选入血成分与中药有效活性成分的交集靶点基因，进一步缩小靶点基因的分析范围，聚焦核心数据，降低分析难度。
Venn图筛选核心作用靶点
2. 交集靶点PPI网络图分析
入血成分与中药所对应的交集靶点基因，即核心作用靶点，输入到STRING数据库进行PPI网络图的绘制。可直观发现中药入血成分和中药有效活性成分的关键核心靶点，其中与其他靶点连接度最高，处于互作中心的靶点可作为后续研究的重点。
核心作用靶点的PPI网络图分析
送样建议
应用场景
排版：野凌
审核：三黍生物企宣部
