蛋白质组学技术产品介绍
蛋白质组学（Proteomics）是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。最早是1994年由Marc Wikins首先提出的。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等生物学过程的系统描述。随着蛋白质技术尤其是质谱技术的快速发展，蛋白质组学研究进入快速发展阶段，各种技术平台Label-Free、iTRAQ/TMT、DIA等让科研工作者迷惑难以选择，因此三黍生物给大家带来蛋白质组技术产品介绍，帮助大家更快更好地理解和熟练应用蛋白质技术。
1 技术原理
Label Free
Label Free是一种不依赖于同位素标记的非标记蛋白组定量技术，通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内标，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度（母离子峰面积），从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
iTRAQ/TMT
iTRAQ (Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术都属于标记蛋白质组，分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术,采用不同数量同位素标签（iTRAQ 4/8标，TMT 6/10/16）,通过特异性标记多肽的氨基酸基团,一次上机可实现最多15个不同样本中蛋白质的相对定量,是近年来定量蛋白质组学常用的高通量筛选技术。同位素标签包括肽反应基团，质量平衡基团和报告离子基团组成。不同同位素标签可以标记不同的样本，但是由于标签的质量相同，在一级质谱图中，标记的多肽是无法区分；然而在二级质谱中，报告基团、质量平衡基团和肽反应基团之间的键断裂，不同同位素标签的同一肽段产生不同质量的报告离子，通过比较二级质谱图中不同的报告离子强度就可以对蛋白进行定量检测。
DIA
DIA（Data-independent acquisition，数据非依赖性采集）技术是苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold团队研发的一项全新的质谱采集模式技术,基于此技术衍生出的蛋白组学简称为DIA蛋白组。数据非依赖性扫描模式是将质谱整个全扫描范围分为若干个小窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，使其能够对扫描区间内的所有肽段离子进行高速一级MS扫描再进行二级MS/MS分析，从而降低样本检测的缺失值，同时提高定量准确性和重复性，实现大样本队列中高覆盖率，高稳定，高精准的蛋白质组定量分析。
2 技术特点
Label Free
Label Free技术实验灵活性强，没有样本数量的限制；蛋白质组学实验都可以采用此技术平台来做；无需同位素标记，成本低；可以进行蛋白的“有/无”比较分析；样本单例上机单例检测。
iTRAQ/TMT
iTRAQ/TMT技术所有样本前期混合处理因为具有高平行性；借助于标签检测，灵敏度好以及定量准确性高；结合分级处理大大提高蛋白鉴定深度；样本多例混样分组上机，多例同时检测。
DIA
DIA蛋白组专为大样本数量分析而设计，技术优势有：全扫描-采集所有的离子信息，包括低丰度蛋白和肽段；超高定量准确度高-定量准确性接近SRM/MRM靶向技术；高通量-缺省值CV低，有效蛋白数据量更高；可追溯-不同批次数据整合分析和回溯性；样本单例上机单例检测。
3 样品要求
Label Free
Label Free技术对样本要求灵活性更高，一般来说50ug以上蛋白即可进行，蛋白量越大鉴定通量越高；
iTRAQ/TMT
iTRAQ/TMT技术由于标记和纯化步骤复杂蛋白损失大，要求样本蛋白量100ug起，蛋白量过低严重影响数据质量；同时样本数量最多可以做16个样本（TMT16标），大于16个样本推荐使用DIA技术；
DIA
DIA技术专门针对样本数量大的实验设计，同时由于需要单独建库，对蛋白量要求较高，一般来说要求样本蛋白量100ug以上。
4 技术对比
我们为大家整理总结了定量蛋白质组不同技术平台的对比图，以方便大家理解。
项目文章：
1. TMT based proteomic profiling of Sophora alopecuroides leaves reveal flavonoid biosynthesis processes in response to salt stress.
2. Comprehensive phosphoproteomic analysis of Nostoc flagelliforme in response to dehydration provides insight into plant ROS signaling transduction.
3. Carbon metabolism and ROS scavenge participate in Nostoc flagelliforme’s adaptive response to drought conditions through protein acetylation.
