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题目：使用ROBO1 CAR T细胞靶向胶质母细胞瘤中的轴突导向依赖性

发表杂志：Nature medicine

影响因子：58.7

摘要：

基因毒性治疗的耐药性和肿瘤复发是恶性脑肿瘤胶质母细胞瘤（GBM）的主要特征。这项工作通过综合基因组、功能基因组、转录组和蛋白质组学分析研究了治疗后复发性GBM的功能性驱动因素。观察结果表明存在多层次的遗传反应以驱动肿瘤复发，并暗示PTP4A2（蛋白酪氨酸磷酸酶4A2）是复发性GBM中自我更新、增殖和肿瘤发生性的调节因子。PTP4A2的遗传扰动或小分子抑制通过去磷酸化轴与圆形导向受体1（ROBO1）及其下游分子参与者相互作用，利用了对ROBO信号的功能依赖性。研究开发了针对ROBO1的第二代嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法，在复发性GBM的细胞系来源异种移植（CDX）模型中，单次剂量的ROBO1靶向CAR T细胞使中位生存期延长了一倍。

研究确定了一个具有前景的、可多靶点治疗的PTP4A-ROBO1信号轴，该信号轴驱动复发性GBM的肿瘤发生性，并可能在其他恶性脑肿瘤中具有潜在作用。

题目：血浆蛋白生物标志物在自身免疫性疾病发作前6个月预测持续自身抗体和1型糖尿病的发展

发表杂志：Cell reports. Medicine

影响因子：11.7

摘要：

1型糖尿病（T1D）是由β细胞的自身免疫性破坏引起的。生物标志物的不足是理解疾病原因和进展的重大障碍。研究进行了盲法的两阶段病例对照血浆蛋白质组学分析，以确定可预测T1D发展的生物标志物。对来自184名个体样本的非靶向蛋白质组学分析，显示在自身免疫性疾病发作前，补体、炎症信号和代谢蛋白就已发生改变。与自身免疫性疾病持续存在者相比，进展为T1D的个体中细胞外基质和抗原呈递蛋白的调节存在差异。对来自990名个体样本的靶向蛋白质组学测量，验证了83种生物标志物。

机器学习分析预测了个体在自身抗体出现前6个月是否会持续自身免疫反应或发展为T1D，受试者工作特征曲线下面积分别为0.871和0.918。该研究识别并验证了生物标志物，突出了T1D发展过程中受影响的途径。

题目：食管胃交界腺癌的综合蛋白质组学特征

发表杂志：Nature communications

影响因子：14.7

摘要：

近几十年来，食管胃交界腺癌（AEG）的发病率迅速上升，但其分子变化和亚型仍不清楚。本研究对103例AEG肿瘤及其配对正常邻近组织（NATs）进行了蛋白质组和磷酸蛋白质组分析，对94对肿瘤-NAT进行了全外显子组测序，对83对肿瘤-NAT进行了RNA测序。分析显示，AEG肿瘤中的蛋白质组发生了广泛变化，并发现了252种潜在的可靶向药物蛋白。我们确定了三种具有显著临床和分子差异的蛋白质组亚型。S-II亚型特征蛋白FBXO44被证实能在体内外促进肿瘤进展和转移。我们的比较分析揭示了AEG亚型独特的基因组特征。我们发现在S-III亚型中成纤维细胞明显减少。进一步的磷酸蛋白质组学比较揭示了AEG亚型之间不同的激酶-磷酸化底物调控网络。我们的蛋白质组学数据集为理解AEG的分子机制和开发精准治疗策略提供了宝贵的资源。

题目：生长素通过增强拟南芥中BZR1的核积累来促进下胚轴的伸长

发表杂志：Science advances

影响因子：11.7

摘要：

生长素和油菜素内酯（BRs）是两种主要的促进生长的植物激素，它们共同作用于下胚轴的伸长；然而，生长素和BR在这一过程中的相互作用尚未完全了解。本研究发现生长素诱导的下胚轴伸长依赖于油菜素唑抗性1（BZR1），这是BR信号传导的核心组成部分。生长素促进BZR1在下胚轴细胞中的核积累，这一过程依赖于由生长素激活的促分裂原活化蛋白激酶3（MPK3）和MPK6，且这两种激酶的编码基因在下胚轴中高表达。

研究人员确定MPK3/MPK6磷酸化降低一般调控因子4（GRF4）的蛋白质稳定性，GRF4是14-3-3蛋白家族的一员，负责将BZR1保留在细胞质中。综上所述，本研究揭示了生长素通过MPK3/MPK6调控的GRF4蛋白质稳定性来增强BZR1核积累，从而促进下胚轴伸长的分子机制。

题目：基于质谱技术的水稻蛋白质组学景观揭示了N6-甲基腺苷在转录后调控中的作用

发表杂志：Nature plants

影响因子：15.8

摘要：

水稻是植物生物学中最重要的主食和模式物种之一，但其定量蛋白质组在很大程度上尚未被表征。在这里，研究人员使用串联质谱标签策略，随后进行密集的分馏和质谱分析，量化水稻主要组织中超过15,000个基因的相对蛋白质水平。研究中确定了与组织特异性功能相关的组织特异性和组织富集的蛋白质。水稻和拟南芥的蛋白质组学比较揭示了保守的蛋白质组表达，这与哺乳动物不同，因为它在物种之间而不是组织之间有着强烈的分离。

值得注意的是，对水稻主要组织中N6-甲基腺苷（m6A）的分析表明，非翻译区的m6A与蛋白质丰度呈负相关，并导致RNA和蛋白质水平之间的不一致。我们还证明了我们的数据对于鉴定调节m6A甲基化所需的新基因非常有价值。综上所述，本研究为水稻蛋白质组学的进一步研究提供了范例。

题目：异源物质能支持锰（II）氧化细菌（MnOB）的生长吗？以苯酚利用菌假单胞菌AN-1为例

发表杂志： Journal of hazardous materials

影响因子：12.2

摘要：

由锰（II）氧化细菌（MnOB）产生的生物成因锰氧化物（BioMnOx）因其卓越的吸附和氧化能力而备受关注。本研究中分离出一种名为假单胞菌AN-1的菌株，该菌株能够利用苯酚作为唯一碳源。苯酚的降解优先于BioMnOx的积累。

基于基因组学和蛋白质组学研究，进一步证实了菌株AN-1的Mn(II)氧化和苯酚矿化机制。蛋白质组学分析表明，随着苯酚浓度的增加，与Mn(II)氧化相关的蛋白质（包括MnxG和McoA）的表达下调。值得注意的是，本研究首次观察到Mn(II)氧化蛋白的表达受到碳源浓度的调节。这项工作为异源物质与MnOB之间的相互作用提供了新的见解，从而揭示了锰和碳生物地球化学循环的复杂性。

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