由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低。
151
造成mapping rate较低的原因可能有哪些？
152
有参分析都需要什么文件？
相应的参考基因组及基因结构注释文件（gtf/gff/gff3/bed等格式，推荐gtf，gff）、基因的GO注释文件的直接下载链接以及基因功能描述文件。
153
什么是Q20、Q30？
Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比，其中Phred=-10log10(e)。
154
什么是raw data/ clean data？
raw data，是测序下机的原始数据。clean data，对原始数据进行过滤后，剔除了低质量数据的剩余数据；后续分析均基于clean data。
155
RNA-seq中什么是有参/无参？如何选择？
有参是指参考基因组；一般还未有参考基因组的物种建议做无参，或者测序样本与参考基因组比对率过低也可以做无参。