在有参项目中，一般默认fpkm>1时，基因表达。一般不推荐看readcount的值看判断表达与否
146
差异基因列表中，readcount一个为0，另一个不为0，能否说明一个表达，一个不表达？
147
某基因在两个样本中表达量差别很大，却不存在与显著差异的基因列表中，这是为何？
差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的，首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差异分析的第一步就是要消除测序深度的影响，对原始数据进行标准化处理（我们在有重复项目中，使用DESeq自带的标准化方法；无重复项目中，使用TMM标准化方法）。
其次：在差异分析过程中，需要对readcount的分布进行估计，经验表明，readcount服从负二项分布。在有重复的项目中，重复的好坏也会对差异基因与否产生影响。如果重复较差，组内差异情况会屏蔽掉部分组间的差异。在估计完参数后，需要用特定检验方法来判断差异基因与否。
再次：在计算完pvalue以后，需要对pvalue进行多重假设检验校正，来减少假阳性。这个过程会使得padj会大于原来的pvalue，使得部分通过pvalue阀值的基因，无法通过padj的阀值。
148
能否用FPKM/RPKM进行差异分析？
在做差异分析时，是采用readcount数据，通过DESeq或者TMM标准化后，进行差异分析。FPKM/RPKM实际上也是对readcount进行标准化处理的一种方法，在进行差异分析时，DESeq和TMM的标准化效果最好，FPKM/RPKM的标准化效果较差，不推荐使用FPKM/RPKM进行差异分析。
149
基因表达水平如何计算？
在RNA-seq技术中，FPKM(expected number of Fragments Per Kilobase of transcript sequence per Millions base pairs sequenced)是每百万fragments中来自某一基因每千碱基长度的fragments数目，其同时考虑了测序深度和基因长度对fragments计数的影响，是目前最为常用的基因表达水平估算方法
150
什么是可变剪切？
大多数真核基因转录产生的mRNA前体是按一种方式剪切产生出一种mRNA，因而只产生一种蛋白质。但有些基因产生的mRNA前体可按不同的方式剪切，产生出两种或更多种mRNA，即可变剪切。