16S多样性分析主要是通过16S序列可变区去区分鉴定样本中的微生物的种类结构；宏基因组测序则是获得菌群的基因组序列，通过序列的相似性去比对数据库鉴定物种。相对而言，16S进行物种注释的准确性高于宏基因组，所以如果已经做过16S的测序分析，菌群结构的分析结果以16S的结果为准。
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客户同一批样本同时做了16S多样性和宏基因组测序，其微生物的种类结构相差比较大的现象？
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普通转录组测序适用于哪些情况？
普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。
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研究转录组的方法有哪些？
目前研究转录组的方法主要三种，基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于sanger测序法的SAGE (serial analysis of geneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallel signature sequencing)，基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq
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为什么编码同一个酶的基因，会有的上调有的下调？
这些编号的基因存在着多个条目，也可能包含了一个家族的多个基因，它们间的调控机制可能尚不清楚，反映在图上会有部分上调，部分下调的现象，这是比较常见的现象。
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能否提取部分基因来做差异分析？
不能。差异分析是基于整体来做的。差异分析软件的作者推荐用全部readcount进行差异分析，若使用部分基因做分析，会毁坏掉数据整体的特点，如测序深度、reads分布特征。所以不推荐老师抽取部分来做差异分析。