谷物类淀粉和块根块茎类淀粉使用的标准品不同,因此在下单时需备注样品来源
直链淀粉含量测定为什么要知道样本来源?
筛选出来的差异功能基因的验证方法有哪些?
1、过表达。选择目的基因构建过表达载体,将过表达载体导入细胞中,检测目的基因的表达情况,并观察表型、功能的变化。
2、敲除(敲降)。使用CRISPR/Cas9、RNA干扰(RNAi)等方法敲除(敲降)目的基因,同时观察表型和功能变化。
3、功能回复。过表达的同时敲除(敲降)目的基因,或者是在敲除(敲降)的基础上过表达目的基因,观察表型和功能是否回复。
为什么转录组测序结果与qPCR验证结果会出现不一致的情况?
1、样本比较关系是否搞反;
2、测序所用RNA与验证所用的RNA,是否为同一批样本;
3、挑选的基因表达差异并不显著,或者挑选的是差异基因但表达量较低;
4、两种方法本身就不同。RNA-seq是大规模筛选用的,反应样本整体的基因表达变化趋势。其一般是对基因进行定量,将所有来源于该基因的转录本reads归为该基因,但qPCR扩增的片段有时不能代表所有的转录本,因此不能保证每个基因的变化趋势都与qPCR一致。一般是挑选大量的基因进行验证,两者的结果从统计学上来说存在较高的相关性(r2 >0.8),即视为验证成功。
差异表达分析时,针对差异表达基因进行的KEGG和GO富集分析,选择哪一个作为功能描述的参考
GO和KEGG是两个独立分类的数据库,GO数据库的作用是将基因按照它们参与的生物学过程、构建细胞的组分,实现的分子功能等进行分类。KEGG数据库,是将基因按照参与的pathway通路分类。两个都能参考。
敲除掉某个基因为什么在转录组测序结果中依然检测到有较高的表达?
在敲除过程中,破坏的常常只是靶基因的部分外显子而不是整个编码区。因此剩下的编码序列有可能因可变剪切表达出一些新的转录本。这就导致在转录组结果中能检测其基因有较高的表达。