目前常用的去除高丰度蛋白的方法有三种：物理化学法：通过高速离心、色谱分离等方式去除高丰度蛋白；高丰度蛋白去除试剂盒：通过特异性结合去除高丰度蛋白，使样品复杂性显著降低，从而检测到更多低丰度蛋白。中低丰度蛋白富集试剂盒：这个方法的思路和第二种正好相反，通过特异性富集中低丰度蛋白，达到更好的检测中低丰度蛋白的目的。
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去除高丰度蛋白的方法有哪些？
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什么时候需要去除高丰度蛋白？不去除有什么影响？
一般来说体液样本如尿液，血液，乳汁等都会存在高丰度蛋白。高丰度蛋白在样本中占据了大部分的蛋白质总量，它们的存在会一定程度上干扰低丰度蛋白的检测信号，增加数据的复杂性，降低样本的分辨率从而影响检测效果。
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蛋白组如何选择数据库？
UniProt＞NCBI＞其他 ，UniProt是目前世界上最大最完整的蛋白数据库。其中除了人和小鼠可以用Swiss-Prot更好以外，其他物种都推荐UniProt Proteomes。UniProt的信息大多数都是经过验证或人工校验的，冗余度非常低。
NCBI是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一个包含各种物种蛋白质序列的大型数据库，蛋白库的信息是任何一个研究者都可随意提交的，因此NCBI中收录的蛋白质信息非常丰富。但是很多蛋白的信息是没有经过验证或人工校验就直接提交的，所以会有很多冗余的蛋白信息。
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不同批次的蛋白组可以一起分析吗？
不可以。因为质谱的批次效应比较大，两个检测时间点仪器的响应会发生变化，这样可能导致的一些含量低的物质可能只在一个批次里被检出。并且由于仪器的波动会导致物质的峰面积整体发生变化，从而影响结果的一致性和准确性。
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作为调控产物的蛋白质又是如何成为机制调控的起因的？
转录因子，是一类具有能够结合到DNA特定序列上影响基因的转录过程的蛋白质。它对于理解基因表达调控、信号传导途径、细胞分化和发育，以及疾病的发生和发展具有重要意义。一般情况下，可以利用JASPER、AnimalTFDB、PlantTFDB等数据库获取转录因子结合的motif信息，再利用MEME FIMO等软件预测转录靶向基因。