KEGG通路图里面的编号只是代表了一个位置，在同一个位置上可能会有很多种代谢物，会出现好几个代谢物注释到同一通路的同一位置，因此和表格上对不上是正常的。
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KEGG富集分析里面，表格里汇总的差异基因数量和通路图上面的标注的数量不一致，例如某条通路上在表格显示有11个下调的5个上调的，但是在通路图里面只标注了3个下调的2个上调的，原因是？
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组学的差异物太少，通过调整阈值筛选出更多的差异物之后，是否筛出来的差异物质差异倍数是不是就不会很明显？
一般来说，调整阈值筛选出差异物后，是为了找出更多的差异物，理论上来说也是差异物，为了方便我们后续作图的美观以及找出关键的差异物，进行后续的数据挖掘和分析。
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PLS-DA、OPLS-DA的置换检验模型没达到合格标准，那OPLSDA、PLSDA分析的数据还能用吗，数据还可靠吗？
plsda和oplsda是有监督模式的偏最小二乘法分析和正交偏最小二乘判别分析，对模型进行指定分组，因此需要置换检验图检验模型是否过拟合，判定标准最主要看报告中提到的，斜率为正或者与Y轴截距是负的，如果不符合这个标准，不建议去使用这张图，比如这个OPLSDA模型过拟合了，不建议使用，可以看下 PLSDA，PCA的模型，文章中一般只用放pca，plsda，oplsda其中一种就可以了，另外，对于差异物质的筛选，可以结合VIP、FC和P值两两结合看，如果OPLSDA置换检验出现模型过拟合，可以不看VIP。
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非靶代谢里面，PCA分析里面有时候会有一个圈，有时候又没有，原因是？
圆圈代表这个组的一个置信区间，置信区间的意义是指由样本统计量所构造的总体参数的估计区间。在区间估计中，由样本统计量所构造的总体参数的估计区间称为置信区间，通常来说需要3个以上样本做出来的置信区间图会比较好看，3个样本做出的图会不美观，一般不建议做。
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甲基化试剂 NaBH4 和 NaBD4 有什么用途？
只有酸性糖的甲基化前处理需要用到，为了通过同位素取代得到质荷比不同的质谱碎片（ H 代和 D 代），从而实现糖醛酸的定性（主要）和定量（次要）分析。糖醛酸的二级质谱图 D 代比 H 代的 m/z 多 2。