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可以在火山图上标注基因名称吗?

可以,但是一般选择TOP20的差异基因进行标注,差异基因数据太多会影响图片的美观程度。


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可以把三个不同组的差异基因放在一起出一套GO分析或者KEGG分析吗?

原则上可以这么操作,但是这么做并没有什么实际的意义,通过富集两组差异基因所在的通路,可以分析不同的处理之间的区别,如果是将不同比较组的基因放一起富集分析,没有办法哪条通路是属于哪个比较组的,同时富集率也会发生变化,不利于后续的分析。


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蛋白组数据里面,会有+、-和没有符号标价的,代表的意思是?

加号和减号代表着差异蛋白的上下调,没有标注的就是不显著差异的蛋白,同时,在DIA和Label-free中,还代表了蛋白在不同样本中的有无情况(从表达量看)。


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内源性物质和外源性物质的区别是?

代谢物是生物体新陈代谢产生的小分子化合物的集合,通常指分子质量小于1000Da的化合物,如氨基酸、多肽、糖类、有机酸、脂质、维生素、生长因子、核苷和核苷酸等,这些物质都是生物体内产生和发现的,又称内源性代谢产物,通常所说的代谢物都是指内源性代谢产物。外源性代谢物又称外源性小分子,是指来源于食品添加剂、膳食补充剂、药物以及环境污染物的化学物质,这些外源性小分子进入机体后通过吸收和代谢等途径与机体的各系统相互作用,可能会导致内源性代谢紊乱。


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KEGG 编号有 D 开头的编号,是什么?

某些外源性物质是已知的药物,在 KEGG数据库里用 D 开头的编号表述(Drug)。


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